Giáo hoàng Clement II sinh tại Saxony, Ý với tên thật là Suidger de Mor-sleben et Hornburg. Có nguồn cho rằng ông là một Giáo hoàng người Đức. Theo đó trong 11 năm trị vì, Hoàng Đế Henry III kết thúc vào năm 1057, Henry đã chọn 4 vị Giáo hoàng người Đức. Đó là các Giáo hoàng Clement II, Giáo hoàng Damasus II, Giáo hoàng Leo IX và Giáo hoàng Victor II.

Được bầu làm Giáo hoàng do ý muốn của Henry III nhằm chấm dứt tình trạng lắm tai tiếng hiện tại, ông được giới giáo sĩ và dân Rôma nhìn nhận. Clement II đưa ra quyết định rằng tất cả mọi Giáo hoàng đều phải do hoàng đế bổ nhiệm.

Hoàng đế có quyền giải quyết các cuộc tranh chấp trong việc bầu chọn như thỏa thuận với Giáo hoàng Gioan XII (602).

Do đó tại công đồng Sutri năm 1047 thay vì chọn trong số ba người đang tranh quyền Giáo hoàng, thì Hoàng Đế Henrry đã chọn một giám mục trong đoàn tùy tùng của nhà vua để lên ngôi Giáo hoàng lấy tên Clement II và trị vì được 2 năm từ năm 1046-1047. Henri cho rằng "không thể tìm thấy tại La mã một giáo phẩm nào chẳng bị ô uế bởi sự bán chức thánh và tội gian dâm." Nhà vua đã đòi ba người đang tranh ngôi Giáo hoàng phải rút lui.

Linh mục O'Malley nhận định "Hoàng Đế Henry đã cứu vãn triều giáo hoàng".